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임 원장은 사임 이유로 대통령과 정부 산하 기관장의 일치를 꼽았다. 그는 전날 본인 개인 블로그 ‘청운산장’에 “대통령제를 채택한 우리나라에서 정부 산하 기관장은 대통령과 임기를 맞춰야 한다는 게 오랜 지론”이라며 “미국처럼 대통령이 바뀌면 수천 명의 공직자를 자유롭게 임면(임명과 해임)할 수 있어야 대통령의 책임정치가 말단까지 잘 작동한다”고 밝혔다. 그는 이어 “본인은 이번 정부 초기에 이를 위한 공운법(공공기관운영에 관한 법률) 개정을 촉구한 바 있다”며 “선진국답게 법 따로 현실 따로인 공공기관장 임기 문제를 해결해야 한다”고 덧붙였다.
그는 이어 “다행히 올 7월 여야 의원이 공운법 개정에 나섰다”며 “법 개정까진 상당 시일 걸리겠지만 본인의 소임은 여기까지라고 생각해 올해 업무를 마무리하며 원장을 사임할 것”이라고 말했다. 또 “새해에는 현 정부와 정책적으로 깊이 호흡할 수 있는 새 원장이 오기를 희망한다”며 “연구원이 탄소중립과 에너지안보를 잘 조화하는 데 중추적 역할을 할 수 있도록 국민도 계속 성원해 달라”고 덧붙였다.