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국방부가 매년 2월 입영대상 의무사관후보생을 상대로 역종 분류를 하고 그해 3월 의무장교 또는 공중보건의로 입영이 이뤄지는 걸 고려하면, 지금 사직 처리된 전공의들은 이론적으로 내년 3월 입대해야 한다. 병역법에 따라 도중에 자의로 이 자격을 포기할 수 없으며, 의무장교가 되면 38개월 복무해야 한다. 전공의 근무를 하다가 입대하면 중위 군의관으로 입대하게 되고, 전공의 과정을 모두 끝마친 뒤 입대를 하는 사람은 대위 군의관로 입대하는 것이 차이다. 계급 사회인 군대에서는 전공의를 마치고 대위로 가는 것이 중위로 가는 것보다 훨씬 근무 자율도가 있다는 게 중론이다.
병무청은 보건복지부가 각 수련병원에 집단사직서 수리 금지 명령을 내린 상태인 만큼 당장 전공의들의 입영 여부를 판단하지는 않겠다는 입장이다.
병무청 관계자는 “사직서를 제출만 한 것과 수리돼 퇴직 처리된 것은 다르다”라며 “복지부가 전공의들에게 업무개시명령을 내렸으니, 이들을 입영 대상자로 봐야 할지는 추이를 더 지켜봐야 한다”고 말했다.
병무청은 최근 사직서를 낸 전공의가 병역을 이행하지 않았을 경우 해외여행에 제한이 있다고 공문을 통해 안내했다. 집단행동으로 사직서를 제출해 업무개시명령 대상자가 된 경우 국외여행 허가를 신청하면, 정상 수련 중인 전공의와 마찬가지로 소속 기관장 추천서를 꼭 받도록 했다. 병역의무를 이행하지 않은 대한민국 남성은 모두 국외여행 전에 병무청의 승인을 받아야 하는데, 어떤 경우라도 병역 미필 전공의가 국외여행 허가를 신청하면서 추천서를 제출하지 않으면 일단 허가를 보류하고 본청에 즉시 통보하도록 한 것이다.
이에 대해 대한의사협회 비상대책위원회 측은 “병무청은 중범죄자들에게만 제한적으로 발령되는 출국금지 명령이나 다름없는 공문을 보냈다”며 “정부가 의사들을 강력범죄자와 동일시 하는 것”이라고 즉각 반발했다.