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이 전 실장 등은 지난 2015년 11월 특조위의 청와대 행적조사 안건 의결에 대한 대응 조치로 특조위 진상규명국장 임용을 중단시키고, 공무원을 파견하지 않는 등 조사 방해를 조직적으로 실행한 혐의로 2020년 5월 기소됐다.
검찰은 이들이 추가 파견이 필요한 공무원 12명 전원을 미파견하는 등 10개 부처 공무원 17명을 파견하지 않은 것으로 의심하고 있다. 또 특조위 활동기간 연장 논의를 전면 중단하고 예산 미집행 등으로 활동을 강제종료시켜 특조위 조사권 등을 방해한 혐의도 받는다.
검찰은 지난해 11월 결심공판에서 이 전 실장에게 징역 3년을 구형했다. 함께 기소된 현정택 전 청와대 정책조정수석과 현기환 전 정무수석, 안종범 전 경제수석에게는 각각 징역 2년6개월을 내려달라고 재판부에 요청했다.
검찰은 또 김영석 전 해양수산부 장관과 윤학배 전 차관에는 징역 2년, 정진철 전 인사수석과 이근면 전 인사혁신처장에는 징역 1년6개월을 구형했다.
당시 이 전 실장 측은 검찰이 같은 공소사실을 두고 이중기소를 자행했다며 공소권 남용이라 반박했다.
앞서 서울동부지검은 2018년 위법한 문서 작성을 지시한 혐의로 이 전 실장과 안 전 수석, 조윤선 전 정무수석과 김영석 전 해양수산부 장관, 윤학배 전 차관 등 5명을 기소했다. 1심에서 집행유예, 2심에서 무죄를 선고받았다. 이 사건은 현재 대법원에서 심리가 진행되고 있다.
최후 변론에서 이 전 실장 변호인은 “동일한 수사에서 별건으로 기소하는 것이 문명국가에 맞는지 의문”이라며 공소기각과 함께 무죄 판결을 요청했다.
