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야권 단일 후보로의 자신감도 내비쳤다. 그는 “국민이 정권교체를 위해 앞장서라고 지지를 보내주셨으니 (지지를) 받은 사람이 앞장서야 하지 않겠냐”며 “향후 어떤 정치적 불이익이 있더라도 대의를 따라야 한다”고 했다.
윤 전 총장은 문재인 정부 초기 서울중앙지검장으로 전 정권 수사를 진두지휘한 점과 관련해서는 “이유 여하를 막론하고 저로 인해 가슴 아픈 일을 겪은 모든 분들에게 위로와 유감을 표한다”며 “그분들이 저에 대해서 섭섭한 감정을 가지고, 경우에 따라서 원한까지 가지고 있을 수 있는 부분을 충분히 이해한다”고 말했다.
이명박·박근혜 전 대통령의 사면과 관련해서는 신중한 모습을 보였다. 그는 “1997년 대선 직후 김대중 대통령이 당선자 신분으로 김영삼 대통령과 협의해서 국민통합을 위한 사면 조치를 한 점은 한국 정치가 진일보되는 장면이었다”면서도 “사면은 국민 통합을 위해 이뤄져야 한다”고 했다.
윤 전 총장은 청와대의 수사 개입 의혹을 다시 제기하기도 했다. 그는 “인사에 과도하게 개입한다는 것은 그런걸 하고 있다는 것에 대한 증거가 아니겠나”며 “적절한 선을 이미 넘지 않았나 싶다. 그건 정권에 도움되는 게 결코 아닐 것”이라고 강조했다.
그러면서 “지난 정부와 관련된 수사에 대해서는 공정과 정의가 살아있다고 말하면서 자신들과 수사에 대해서는 정치적 중립 위반이라고 말하고 있다”며 총장 재직 시절 주도한 수사를 ‘정치참여용’ 수사였다고 비판하는 여권에 반박했다.