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국회는 8일 이 같은 내용을 포함한 조세특례제한법(조특법), 소득세법 등 21개 세법 개정안을 본회의에서 처리했다. 조특법 개정안에 따라 상호금융 예탁금·출자금의 과세특례 적용기한이 연장됐다. 당초 기재부는 농협, 수협, 산림조합의 준조합원(약 1000만명 추정)의 비과세 혜택을 내년부터 폐지할 방침이었다. 그러나 농·수협 반발이 컸고 국회 논의를 거치면서 조합원·회원·준조합원 모두 2020년까지 비과세하기로 했다.
국회는 종교인 소득 관련 가산세 부과도 연기하기로 했다. 기재부는 올 초부터 시행된 종교인 과세(소득세법 개정안)에 따라 지급명세서를 제대로 제출하지 않은 종교인에게 가산세를 부과하기로 했다. 당초에는 2018년 소득분까지 1년간 적용을 유예하기로 했다. 하지만 8일 국회 의결로 2019년까지 2년간 적용이 유예된다. 기재부는 “농어민, 서민 등에 대한 지원 필요성을 감안해 비과세 폐지가 유예됐다”며 “가산세 유예 조치는 올해 제도가 시행돼 제출 의무를 숙지하지 못한 종교인들에 대한 부담을 완화하는 취지”라고 설명했다.
아울러 3만원이 넘는 카카오톡 등 모바일 상품권은 2020년부터 종이 상품권처럼 인지세가 부과된다. 업계 반발이 나오자 국회는 내년 7월부터 1만원 초과 모바일 상품권에 부과하려던 기재부 계획을 이처럼 완화했다. 기재부는 납세자가 국세청 등의 세무조사를 받을 때 전 과정을 녹음할 수 있는 규정을 도입하려고 했지만, 국회 문턱을 넘지 못했다.
부가세액 중 지방으로 이양되는 지방소비세 비율은 11%에서 15%로 확대된다. 연간 3조3000억원 규모의 지방세가 확충될 전망이다. 종합부동산세(종부세)의 경우 세율은 정부안 그대로 유지하되, 세 부담 상한선이 수정됐다. 조정대상지역 내 2주택자의 세 부담 상한이 300%(정부안)에서 200%로 완화됐다. 1가구 1주택자가 15년 이상 주택을 장기 보유할 경우 공제율을 40%에서 50%로 높였다. 다만 장기보유세액공제와 고령자 세액공제를 합쳐 전체 세액공제는 70%를 넘지 못하도록 했다.