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모든 사업자들은 사업을 시작할 때 반드시 사업자 등록을 해야 한다. 사업을 시작한 날로부터 20일 이내에 구비서류를 갖춰 가까운 세무서 민원 봉사실을 방문하거나 인터넷 홈택스에서 신청할 수 있다.
신규 사업자가 사업 개시일로부터 20일 내에 사업자 등록을 하지 않으면 여러 불이익이 발생한다. 먼저 무거운 가산세를 부담해야 한다. 사업을 개시한 날부터 등록을 신청한 날 직전일까지 매출액에 대해 1%가 적용된다. 단 간이과세자에게는 매출액의 0.5%와 5만원 중 큰 금액이 부과된다.
사업 개시 전 진행한 내부 공사나 구매한 비품에 대해 세금계산서를 발급받았더라도 사업자 등록을 정해진 기간 보다 늦게 할 경우 부가가치세를 고스란히 부담해야 한다. 현행 세법에 따르면 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 뒤 20일 이내에 사업자 등록을 해야 매입 세액 공제 혜택을 받을 수 있다고 규정하고 있다.
공급시기란 사업자가 용역이나 재화를 다른 사업자로부터 공급받거나 영업을 개시해 용역·재화를 소비자에게 공급한 시기를 의미한다. 부가가치세 과세 기간은 1월 1일부터 6월 30일까지 1기, 7월 1일부터 12월 31일까지 2기로 나뉜다.
차씨의 경우 1기 과세기간이 끝나는 6월 30일로부터 20일 이내인 7월20일까지 사업자 등록을 신청했다면 1월 1일부터 6월 30일까지 지출 비용에 대한 매입세액은 전부 세액공제가 가능했다. 그러나 7월 21일 이후 사업자 등록을 신청했기에 해당 기간 매입세액은 전부 차씨의 몫이 됐다.