이같은 판단이 중요한 이유는 가공되지 않은 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 및 임산물 포함)을 수입할 경우 부가가치세법 제27조에 따라 부가가치세가 면제되기 때문이다. 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공까지는 부가세 면제대상에 포함된다.
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A씨는 2014년 2월부터 2015년 1월까지 중국에서 고사리 약 1289톤을 수입했다. 품명 ‘데친 고사리’, 관세율 ‘20%’, 부가가치세 ‘면세’로 수입신고했고 통관지 세관장인 인천세관장이 이를 수리했다.
그러나 서울세관은 이 사건 수입물품이 ‘데친 고사리’가 아니라 ‘삶은 고사리’에 해당하고 1kg 또는 2kg의 폴리에틸렌 봉지에 포장돼 수입된 후 그대로 소매 판매되고 있어 부가가치세의 면제 요건을 갖추지 못했다고 판단했다. 이에 서울세관은 A씨에 부가세 2억4219만여원, 가산세 2166만여원 등 총 2억6885만여원을 경정·고지했다.
부가세 무효 소송에 나선 A씨는 “관계법령상 ‘데친 고사리’와 ‘삶은 고사리’를 구별하는 특별한 기준이 없음에도, 피고는 어떠한 근거도 없이 이 사건 수입물품을 삶은 고사리라고 판단했다”며 “남양주세무서, 중부지방국세청으로부터 이 사건 수입물품이 데친 고사리에 해당해 면세가 가능하다는 답변을 받았다”고 주장했다.
이어 “이 사건 부과처분은 그 하자가 중대·명백하므로 당연무효에 해당한다”며 “설령 부가세에 관한 부분이 적법하다고 하더라도, 원고가 세법을 위반한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 적어도 이 사건 가산세 부과처분은 그 하자가 중대·명백해 당연무효”라고도 주장했다.
그러나 재판부는 A씨의 주장을 받아들이지 않았다. 수입물품의 제조공정 및 중앙관세분석소의 분석결과에 따르면 이 사건 수입물품은 부가세 면제대상에 해당하지 않는다고 판단했다. 1차적으로 고사리를 데친 이후에도 헹굼, 건조, 데침, 진공포장, 살균, 냉각 등 여러 단계의 가공 작업을 거친 것을 수출업자가 작성한 제조공정설명서를 통해 확인했다.
재판부는 “원고는 과세관청에서 이와 다른 취지의 답변을 받았다고 주장하지만, 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다”며 “따라서 원고가 이 사건 수입물품을 수입하면서 이를 부가가치세 면제대상으로 신고한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다”고 판시했다.
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