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이 과정에서 일부 국정원 직원들이 “문건 삭제는 전례가 없는 일”이라며 항의한 것으로도 전해졌다.
검찰 역시 문건 삭제 과정에서 박 전 원장의 지시가 비서실장을 통해 실제 이행된 것이 맞는지 확인하기 위해 압수수색을 실시했다. 국정원은 임의제출 형태로 자료 제공에 협조했다.
검찰은 증거 분석을 마치는 대로 비서실장 등 실무진 소환에 나선다는 입장이다.
반면 박 전 원장은 전날 MBC 라디오 ‘김종배 시선집중’에 출연해 “국정원에 새 원장이 오셔서 ‘걱정원’을 만들고 있다. 도대체 전직 원장을 조사하려면 법대로 감찰을 해서 조사를 해야지”라며 “윤석열 정부에서 제가 피의자면 내용을 가르쳐줘야 될 것 아닌가. 저렇게 언론플레이만 하면...”이라며 완강하게 부인했다.