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그간 수사 지휘권 발동은 매우 제한적으로 이뤄져 왔다. 검찰의 정치적 중립성과 수사 독립성을 훼손할 수 있기 때문이다. 실제로 문재인정부 이전 수사지휘권이 발동된 사례는 노무현정부 시절인 지난 2005년 10월 천정배 당시 법무부 장관의 ‘강정구 전 동국대 교수 국가보안법 위반 사건’이 유일했다.
잦은 수사 지휘권 발동에도 그 결과는 초라하기 그지없다. 채널A 사건에 연루된 기자들은 1심 법원에서 무죄를 선고 받았고, 한 전 총리 의혹 역시 대검찰청에서 무혐의 처분이 나왔다. 이 중 채널A 사건의 경우 기자들과 유착 의혹을 받았던 한동훈 검사장은 검찰로부터 공소 제기 등을 포함해 어떤 처분도 내려지지 않은 상황이다.
검찰 안팎에선 수사 지휘권 발동 남용이 오히려 현 정부의 ‘검찰 개혁’ 명분을 훼손하고 있다고 지적한다. 법조계 한 관계자는 “수사 지휘권은 인권수호 등 법치주의에 문제가 생긴 경우 아주 제한적 범위에서 행사해야 한다는 게 입법 취지”라며 “수사 지휘권 남발은 이 같은 취지에 반해 검찰총장의 핵심 역할인 수사 독립성 확보와 정치적 중립성을 오히려 훼손하는 것”이라고 꼬집었다.
전·현직 법무부 장관들의 검찰 인사가 검찰 수사의 연속성을 저해하고 위축시켰다는 비판도 거세진다. 검찰 고위간부 출신 변호사는 “추 전 장관 시절부터 이른바 ‘줄세우기’식 검찰 인사가 수없이 이뤄지면서 그 어느 때보다 정권의 눈치를 보는 검찰 내부 분위기가 조성됐다”며 “잦은, 그리고 대대적인 인사는 수사의 연속성을 해치는 것은 물론 정권 관련 수사를 위축시키는 부작용을 낳는다”고 지적했다.