제노스코, 세금 리스크?…“렉라자는 ‘사용료 소득’, 가치 변함 없다”

[이데일리 김진수 기자] 오스코텍(039200)의 자회사인 신약개발 전문기업 제노스코를 둘러싸고 금융투자 및 제약·바이오 시장 일각에서 ‘세금 리스크’가 제기된다. 이에 제노스코 기업 가치 하락에 대한 우려와 가치 재평가가 필요하다고 주장한다. 하지만 제노스코는 비소세포폐암 치료제 ‘렉라자’와 관련한 세금 문제는 모두 해소됐으며, 향후 마일스톤 확보와 파이프라인의 가치는 변함이 없다는 입장을 명확히 했다.

지난달 중순 대법원은 미국 법인 제노스코가 유한양행으로부터 받은 간암 표적치료제 기술수출(기술이전) 대가와 관련한 사건에서 원심을 파기하고 환송(2023두54761) 결정을 내렸다. 대법원은 FGFR 기술수출 대가를 사용료소득이 아닌 양도소득으로 판단하면서, 한·미 조세협약상 과세 여부에 대해서는 추가 심리가 필요하다고 판단했다.

당초 제노스코는 유한양행에 간암 표적치료 기술(FGFR) 및 노하우를 이전하고 받은 계약금을 한미조세협약상 과세가 면제되는 ‘자본적 자산의 양도’라고 봤다. 그러나 대법원은 해당 계약을 통해 확보한 금액이 한미조세협약상 면세 조항에 해당하는 자본적 자산의 양도소득으로 단정할 수 없다며 면세 자산으로 봤던 원심을 파기한 것이다. 이에 최종 과세 여부는 향후 환송심에서 가려질 예정이다.

(사진=AI 생성)

이번 대법원 판단에 따라 제노스코가 기존에 기술수출한 ‘렉라자’에 대해서도 동일한 기준이 적용돼 막대한 원천징수 세금을 납부해야 하는 것 아니냐는 우려의 목소리가 나온다. 렉라자의 글로벌 상업화 성공으로 대규모 로열티 유입이 기대되는 상황에서, 해당 수익에 세금이 부과된다면 제노스코가 실제 확보하는 금액이 대폭 줄어들어 결과적으로 기업 가치를 재평가해야한다는 의견이다.

이런 시장의 우려에 대해 제노스코 관계자는 “이번 대법원 판결은 간암 표적치료 기술(FGFR) 관련 이전 대가에만 국한된 사건이며, 렉라자 기술료 수취와는 법적 성격부터가 완전히 별개인 사안”이라며 선을 그었다.



사용료 소득은 과세 면제

제노스코의 세금 문제와 관련해 핵심이 되는 쟁점은 한미조세협약상 과세가 면제되는 ‘자본적 자산’인가 아닌가다. 제노스코 측에 따르면 두 사안이 명확히 분리되는 핵심적인 이유는 세법상 소득의 성격 자체가 다르기 때문이다.

FGFR 기술이전 대가는 세법상 ‘양도소득’으로 구분된다. 반면 렉라자의 수익배분금은 ‘사용료소득’(로열티)으로 분류된다. 일반적으로 두 소득을 구분하는 기준은 단순히 명칭이 ‘계약금’ 또는 ‘로열티’ 등으로 구분되는 것이 아니다. 조세법칙상 핵심 기준은 해당 대가가 특허 등 지식재산권 사용, 또는 처분 실적에 연동돼 지급되는지 여부다.

FGFR의 경우 기술수출에 대한 계약금이 양도소득으로 구분됐고 대법원은 이를 양도소득으로 인정하면서도 조세조약상 ‘자본적 자산의 양도’ 면세 요건에 부합하지 않는다고 판단했다. 반면 렉라자 로열티는 그 거래 구조와 성격상 명확하게 해외 라이선스 계약에서 발생한 수익을 계약에 따라 분배받는 구조로, 국내원천소득에 해당하지 않는다. 이번 대법원 판결은 양도소득에 대한 내용을 담은 것으로, 렉라자 관련 과세에 어떠한 관련도 없는 셈이다.



“렉라자 세금은 모두 해결…이번 사안과 무관”

제노스코가 렉라자의 세금 리스크가 없다고 확신하는 가장 강력한 근거는 사용료소득의 과세 기준인 ‘사용 장소’ 기준 때문이다.

현행 세법 및 한미조세협약에 따르면, 사용료소득의 원천징수 여부는 해당 특허나 기술이 실제로 어디에서 사용됐는지를 기준으로 판단한다. 렉라자 관련 판매 로열티는 제노스코가 파트너사인 유한양행으로부터 직접 수취하는 형식이지만, 본질적으로는 유한양행이 해외 제약기업인 존슨앤존슨과 체결한 글로벌 라이선스 계약에서 발생한 수익을 분배받는 구조다. 따라서 해당 특허와 기술의 실질적 사용 장소는 한국이 아닌 ‘국외’에 해당한다.

결과적으로 국외에서 사용된 권리에 대한 사용료소득은 ‘국내원천소득’으로 간주되지 않으며, 원천징수 대상에서 원천적으로 제외된다. 즉, 렉라자의 글로벌 판매에 따라 향후 제노스코로 유입되는 모든 마일스톤 및 판매 로열티는 별도의 세금 차감 없이 고스란히 회사의 순이익으로 직결된다.

아울러 제노스코는 렉라자와 관련해 “세금 문제가 이미 과거의 소송을 통해 완벽하게 정리된 상태”라고 밝혔다. 제노스코에 따르면 렉라자 관련 금액은 사용지가 국외인 사용료소득이기 때문에 원천징수 대상이 아님에도 불구하고 당시 과세 당국의 보수적인 행정 처리로 원천징수가 이뤄졌다.

이를 바로잡기 위해 제노스코는 동작세무서와 동작구청 등을 상대로 기납부한 원천징수세 환급 소송을 각각 제기했다. 치열한 법리 다툼 끝에 2심 고등법원 재판부는 제노스코의 ‘국외 사용에 따른 비과세’ 주장이 타당하다고 판단해 조정 권고를 내렸다. 과세 당국 역시 이를 수용했으며 제노스코는 납부했던 원천징수세를 전액 환급받은 바 있다.

제노스코 관계자는 “이번 판결은 렉라자의 계약 및 세금에 대해 어떠한 영향도 미치지 않는다. 렉라자 관련 세금 문제는 이미 영구적으로 종료된 상황”이라고 말했다.