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특별회계 신설은 교육 재정 칸막이를 없애기 위한 첫 단추로 해석된다. 교육교부금의 비효율성을 개선하고 대학 경쟁력 강화, 평생교육 지원, 지방대학 육성 등을 위해 제도개선이 불가피하다는 것이 정부 판단이다. 최상대 기재부 차관은 “학령인구 감소에도 초·중등 교부금은 지속 증가한 반면, 교육재정 칸막이 구조로 초·중등 재정과 고등 재정간 불균형이 확대되고 있다”고 말했다.
초·중등 재정과 고등 재정간 불균형 해소를 위해 교육재정의 칸막이를 더 허물어야 한다는 지적도 나온다. 기재부에 따르면 지방교육재정교부금은 올해 65조1000억원에서 내년 77조3000억원으로 증가한다. 반면 같은 기간 고등교육예산은 11조9000억원에서 12조1000억원으로 1.7% 늘어나는데 그친다. 장상윤 교육부 차관은 “올해 말 교육청에서 교부금을 쓰지 않고 남겨두는 적립금 규모가 19조4000억원에 달할 것으로 예상된다”며 “적립금이 이렇게 많이 쌓인다는 건 다른 부분에 제대로 투자하지 못해 비효율이 발생하고 있다는 것”이라고 강조했다.
다만 교육계 반발로 인해 교부금의 근본적 개편까지는 시간이 더 필요할 것으로 보인다. 이날 정부의 특별회계 신설 방안 발표 이후 초·중등 교육계는 예산 삭감이 부당하다며 일제히 반발하고 나섰다.
시도교육감협의회 등 유·초·중등 교원단체 다수가 참여하는 지방교육교부금수호 공동대책위원회(공대위)는 이날 기자회견을 열고 “다른 부처 예산은 그대로 둔 채 사회적 발언권이 없는 학생들의 예산을 삭감하는 것은 부당하다”고 날을 세웠다. 정의당 정책위원회도 논평을 통해 “고등교육 재정은 확대해야 하지만 교육세 이관이 유일한 방법은 아니다”며, 초·중·고교 예산을 고등교육 투자에 활용하려는 정부 방침을 비판했다.
하지만 전문가들은 중장기적으로는 내국세 세수와 연동한 교부금 구조를 바꿔야 한다고 지적했다. 김학수 한국개발연구원(KDI) 선임연구위원은 “단기적으로 교육세수를 고등교육 재원으로 돌리는 것은 바람직하지만, 보다 근본적인 교육교부금 개혁방안이 필요하다”면서 “향후 2~3년 내에 교부금의 전면 개편에 대해 논의할 필요가 있다”고 언급했다.
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