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서 전 실장은 해양수산부 공무원 이대준 씨가 북한군에 살해된 이튿날인 2020년 9월 23일 새벽 1시께 열린 관계장관회의에서 이 씨의 피격 사실을 은폐하기로 하고 관계부처에 관련 첩보를 삭제하도록 지시한 혐의(직권남용권리행사방해)를 받고있다.
국방부·국가정보원·해양경찰청 등 관계 기관이 이씨가 ‘자진 월북’한 것으로 몰아가도록 보고서나 보도자료에 허위 내용을 쓰게 한 혐의(허위공문서 작성 및 동 행사)도 있다.
검찰은 지난 8월 서 전 실장의 자택 등을 압수수색하고 지난달엔 이틀 연속 서 전 실장을 불러 조사했다. 이 씨가 자진 월북했다고 판단한 경위와 첩보 삭제 지시 및 실행 과정 등을 추궁한 검찰은 서 전 실장이 혐의를 부인하고 있는 점을 고려해 구속 영장을 청구했다.
서 전 실장의 신병을 확보한 검찰은 사건의 또 다른 ‘윗선’인 문재인 전 대통령의 사건 개입 여부를 집중적으로 조사할 것으로 보인다. 그동안 검찰은 피격 사건 발생 직후 청와대 주요 인사들의 의사결정 과정을 들여다보기 위해 대통령기록관을 압수수색해왔다. 법조계는 서 전 실장이 단독적으로 결정 내리고 범행한 것이 아니라 문 전 대통령도 직·간접적으로 개입했을 가능성이 크다고 보고있다.
실제 지난 2019년 2월 베트남 하노이 북미정상회담 결렬 이후 남북관계가 급속도로 얼어붙자 문 전 대통령은 관계를 회복하기 위해 안간힘을 썼고 이 과정에서 ‘북한 눈치보기’ 논란이 여러 차례 불거졌다. 그러던 중 남북관계에 악재가 될만한 사건이 터지자 이를 무마하기 위해 청와대가 각 기관에 압력을 가했을 것이란 게 검찰의 의심이다.
이처럼 검찰이 청와대 ‘윗선’을 겨냥한 수사를 계속하자 문 전 대통령은 지난 1일 입장문을 내고 “안보 사안을 정쟁 대상으로 삼고 공직자들의 자부심을 짓밟으며, 안보 체계를 무력화하는 분별없는 처사에 깊은 우려를 표한다”며 “부디 도를 넘지 않기를 바란다”고 비판했다.
서 전 실장측은 지난달 30일 검찰의 구속영장 청구에 대해 “관련첩보를 실무자 200~300여명이 알고 있었던 상황에서 은폐를 시도한다는 것은 상상할 수 없는 일”이라며 “당시 월북으로 단정한 바도 없을뿐더러 월북과 배치되는 정보를 선별 삭제했다는 것은 전혀 사실이 아니다” 결백을 주장했다.