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이 제도는 정부의 직접적 재정지출에 비해 시장 개입 강도가 낮으면서도 경제 전반에 긍정적 영향을 미치는 효과를 갖는다는 평가를 받는다. 하지만 도입 후에는 정치 논리에 휘둘려 정부가 건드릴 수 없는 성역이 돼 폐기하기 어려워지는 문제가 생긴다. 비과세·감면 중단은 증세를 의미하기에 유권자들의 조세저항에 부딪힐 수 있기 때문이다.
실제로 조세지출 종료 비율은 해마다 낮아지는 추세다. 2016년 28%에 달했던 조세지출 종료 비율은 △2019년 20.6% △2020년 18.5% △2021 10.5% △2022년 13.5% △2023년 8.5%로 추락했다.
이에 따라 비과세·세액공제·소득공제 등을 포함한 국세 감면액은 눈덩이처럼 불어나고 있다. 국세감면액은 △2019년 49조6000억원 △2020년 52조9000억원 △2021년 57조원 △2022년 63조6000억원 △2023년(세수재추계 기준) 69조5000억원 등으로 매년 급증했다. 내년 국세감면액은 올해보다 7조6000억원 늘어 77조1000억원(예산안 기준)에 달할 전망이다.
정부는 세수 결손 등으로 헐거워진 재정을 비과세·감면 제도를 정비해 일부 충당하겠다고 했지만, 공수표에 그칠 가능성이 크다는 지적이 나온다.
김우철 서울시립대 세무학과 교수는 “무분별한 조세특례 기한 연장은 국가재정에 큰 부담이 된다”며 “일몰 도래 항목의 폐지비율에 대한 하한, 신설 항목 수·감면 규모에 대한 상한 등을 법적 의무화하는 방법을 강구해야 할 것”이라고 강조했다. 김성화 한국조세연구소 조사위원은 “특정 납세자에 세제 혜택을 주는 조세지출은 세제의 형평성과 중립성을 훼손하고, 소득 재분배 효과도 약화시킬 수 있다”고 지적했다.