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지역 유지들과 ‘평화관’이라는 여관 겸 식당에서 저녁을 먹던 서 의원의 옆방엔 서창선 대위란 사람이 숨어 있었다. 서 의원을 미행해 그곳에 숨어든 서 대위는 서 의원의 얘기를 엿듣다 서 의원의 경호원에게 발각된다. 이를 계기로 양측 상호 간 언쟁이 높아지다가 같이 있던 서 의원의 장남이 서 대위에게 박치기를 가하자 이에 격분한 서 대위는 권총을 뽑아 서 의원을 향해 쏜다.
약 5미터의 근거리였지만 서 의원 경호원들의 제지로 저격은 실패했는데 도망가던 서 의원은 자신이 소지 중이던 호신용 권총으로 서 대위를 사살한다. 흉부와 복부 등에 총 3발을 맞은 서 대위는 현장에서 즉사한다. 이후에도 서 의원 암살 미수의 배후는 밝혀지지 않았지만 군부는 당시 거창 사건 국회조사단장이던 서 의원을 못마땅하게 여기고 있던 터였다.
사건이 발생하자 서 의원은 검경에 이를 알리고 다음 날인 25일 경찰에 자진 출두했다. 서 의원은 ‘정당방위’라고 주장했으나 경찰은 이를 받아들이지 않고 그를 곧바로 체포했다. 회기 중에 현역 국회의원이 ‘현행범’으로 체포된 것이다. 이어 검찰이 같은 해 5월 10일 서 의원을 살인죄로 구속하자 국회는 ‘국회 결의 제177호’로 서 의원에 대한 석방을 결의했고, 이를 대법원장 앞으로 통고했다.
이를 이첩 받은 부산지방법원 형사부 안윤출 판사는 5월 19일 구속 집행 정지를 결정해 서 의원을 석방했다. 그러자 이승만 대통령 뜻에 동조하는 관제 시위대가 안 판사의 하숙집을 습격해 안 판사가 피신하는가 하면, 거리에는 안 판사를 압살하라는 벽보가 나붙기도 했다. 이와 관련 김병로 당시 대법원장의 일화도 전해지는데, 이승만 대통령이 서 의원 석방에 불만을 나타내자 김병로 당시 대법원장은 “판결이 잘못됐다고 생각하면 절차를 밟아 항소하시오”라고 말하며 정권의 사법부 장악 시도를 막았다고 한다.
이승만 정권은 5월 25일 공비 잔당 소탕이라는 명분하에 전남·북과 경남 지역에 비상 계엄령을 선포하고 같은 날 서 의원을 다시 체포한다. 이후 서 의원 사건은 영남고등군법회의로 이관된다. 서 의원은 영남고등군법회의에서 살인죄로 사형을 선고 받았으나 재심 끝에 징역 8년 형을 선고 받는다.
이후 수차례 재심이 반복되던 중 1953년 5월 계엄령 해제와 함께 부산지방법원에서 다시 공판이 열리게 되고, 당시 재판장이었던 양회경 판사는 서 의원의 살인죄 부분에 대해 정당방위를 이유로 무죄를 선고한다. 검찰의 항소로 진행된 2심에서 대구고등법원은 ‘1952년 8월 영남고등군법회의의 징역 8년 선고로 형이 확정됐다’는 이유로 살인죄 부분에 대해 면소 판결을 내린다. 서 의원 측이 상고했으나 대법원은 면소를 선고한 원심 판결을 유지한다.
1960년 4.19 혁명으로 자유당 정권이 무너지자 서 의원은 수감 생활 8년 만에 자유의 몸이 된다.
서 의원 사건은 같은 해 5월 공병대 크레인차가 국회에 등원하던 국회의원 40여 명이 탄 통근 버스를 견인해 헌병대에 인계한 ‘부산정치파동’과 뒤이어 이뤄진 이승만 정권 ‘발췌개헌’의 시발점이 된 사건으로 평가 받는다.
