현재 방첩사령부령에 따르면 방첩사의 임무는 △신원조사 및 보안측정 등 군 보안 업무 △군 방첩 업무 △대(對)국가전복, 대테러 및 대간첩 작전에 관한 정보 등 군 관련 정보의 수집·작성 및 처리 업무 △군사기밀보호법·집회 및 시위에 관한 법률·국가보안법 등에 규정된 범죄의 수사 △군 관련 불법·비리 정보 △대테러·대간첩 작전 지원 △군사보안에 관한 연구·지원 등을 망라한다.
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이 과정에서 부대원 규모가 2800여명까지 30%나 쪼그라들었다. 또 특권 의식에 사로잡힌 현역 기무 요원들이 법적 근거도 없이 권한을 남용했다는 비판에 따라 기존 10% 수준이던 민간인(군무원) 비율을 30% 이상으로 늘리기도 했다. 폐쇄적인 사령부에 새로운 인물들을 영입해 상호 견제와 조직 정화를 도모하겠다는 취지였다.
하지만 기무사에서 나간 인원들 중 일부가 군무원으로 신분을 바꿔 다시 안보지원사로 돌아왔다. 게다가 윤석열 정부 들어 이름을 바꿔 단 방첩사는 각 소속군으로 원복했던 현역 장교와 부사관을 다시 불러들여 인력 규모를 3000여명 수준까지 늘렸다. 부대령에 못박아놨던 군무원 30% 이상 강제 조항도 폐기했다.
지난 2023년 당시 윤석열 대통령은 현직 대통령으로서는 31년만에 방첩사를 방문해 “적극적인 방첩 활동에 총력을 기울여 달라”며 힘을 실어줬다.
하지만 그 결과는 ‘불법’ 비상계엄 가담 핵심 부대라는 낙인으로 돌아왔다. 방첩사는 12·3 비상계엄 상황에서의 정치인 체포와 선거관리위원회 점거 관련 혐의를 받는다. 사령관이었던 여인형 육군중장은 구속기소됐고, 방첩수사단장 김대우 해군준장 역시 재판에 넘겨졌다. 1처장 정성우 육군준장(진) 등 다수의 간부들이 수사당국의 조사를 받았다.
이에 따라 향후 정권 교체시 수사권과 인물정보 관련 임무 축소 가능성이 점쳐진다. 과거 기무사 해편 당시에도 김병기 더불어민주당 의원은 기무사의 가장 큰 문제점이 정보기능과 수사기능을 모두 갖고 있는 것인 만큼, 수사기능을 분리해 군사경찰이나 군 검찰로 이전해야 한다고 지적했다. 또 인물정보 관련 수집·생산 기능도 분리돼야 한다며 관련 법률안 개정도 추진했었다.
문재인 정부 국방부 기획조정실장을 지낸 김정섭 세종연구소 수석연구위원은 보수·진보 정부를 막론하고 군에 대한 감독을 방첩사에 의존하고 있는 건 역설적 상황이라고 지적하면서 “보안, 방첩, 신원조사, 정보수집이라는 방첩사의 임무와 기능을 감찰이나 군사경찰 등 군 내 다른 조직에 적절히 분산해 견제와 균형이 작동돼야 한다”고 제안했다.
